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BIOMODLAB : une plateforme de modélisation et d'analyse d'images 4D (espace + temps)

yassin Refahi 1 Thibaut Viné 1 Anouck Habrant 1 Berangère Lebas 1 Christine Terryn 2 Gabriel Paës 1 
2 PICT - Plateforme en Imagerie Cellulaire et Tissulaire
URCA - Université de Reims Champagne-Ardenne, SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé)
Résumé : Comprendre les principes sous-jacents des mécanismes biochimiques nécessite généralement l'acquisition de données spatiales. L'imagerie 4D (espace + temps) est un outil puissant pour étudier ces mécanismes dans l'espace et dans le temps. Le traitement des images générées nécessite des outils mathématiques et des algorithmes adaptés. Dans ce contexte, nous avons développé une plate-forme de manipulation et d'analyse d'images 4D, appelée BIOMODLAB, qui intègre divers composants pour visualiser, segmenter, manipuler etanalyser des jeux de données 4D. Développée avec les langages de programmation C++, Python3 et PyQt5, l’interface graphique de BIOMODLAB, dispose d'un interpréteur Python intégré. BIOMODLAB a été initialement développée pour étudier la division et la croissance cellulaire [1, 2]. BIOMODLAB est maintenant adapté pour étudier la déconstruction de la biomasse lignocellulosique lors de l'hydrolyse enzymatique dont l’impact sur la structure cellulaire peut être vu comme étant l’inverse de celui de la croissance [3]. En bref, BIOMODLAB fournit une interface unique intégrant des outils mathématiques et informatiques de traitement d'images pour obtenir des données quantitatives précises nécessaires à la modélisation des mécanismes biochimiques.
Type de document :
Poster
Liste complète des métadonnées

https://hal.inrae.fr/hal-03670664
Contributeur : Refahi Yassin Connectez-vous pour contacter le contributeur
Soumis le : mardi 17 mai 2022 - 16:03:32
Dernière modification le : jeudi 19 mai 2022 - 03:39:42

Fichier

Refahi_Resume_JRFP.docx.pdf
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : hal-03670664, version 1

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Citation

yassin Refahi, Thibaut Viné, Anouck Habrant, Berangère Lebas, Christine Terryn, et al.. BIOMODLAB : une plateforme de modélisation et d'analyse d'images 4D (espace + temps). 13èmes journées du Réseau Français des Parois, May 2022, Versailles, France. 1p. ⟨hal-03670664⟩

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